Auf der Kommandozeile gibt es mit den Bordmitteln von Microsoft gleich zwei Möglichkeiten, Laufwerke mit anderen Clustergrößen (Zuordnungseinheiten) zu formatieren. Anbei ein Beispiel mit 64 KB:

format LW: /fs:ntfs /q /a:64kb

oder

diskpart
select disk x
select volume x
format fs=ntfs quick unit=65536